Первые монахи выкопали церкви и кельи в верхнем ярусе. Через маленькие оконные проемы в них проникал свет, освещавший фрамугу (нишу) для иконы, вырубленную в меловой скале лежанку, ступеньку, проемы для дверей. Кельи соединяются с квадратным залом со сводом, опирающимся на массивный столб в центре. В восточной стене ещё видны следы от иконостаса первой подземной церкви Святогорского монастыря до 1632 г. Сначала она называлась Успенской, затем Николаевской, а в XIX в. Иоанна Предтечи.От этой пещерной церкви разветвляются лабиринты тротуаров и келий. Один небольшой тротуар соединяет её с квадратной трапезной, севернее которой шёл проход на верхний третий ярус пещер, где была Успенская церковь. Второй проход ведет к нижнему ярусу пещер с Алексеевской пещерной церковью высотой до 4 м. В 1753 г. сюда, во времена царствования императрицы Елизаветы Петровны, сослали раскольника Чекменьева, который «сеял между простым народом ереси». Алтарная часть Алексеевской церкви имела форму сегментной фрамуги и была отделена от основного пространства пилястрами, на которые опирается арка, где крепится иконостас.В незаметном месте внутри меловой горы расположена церковь преподобных отшельников (затворников) Антония и Феодосия. Небольшой коридор, вырубленный в меловой породе, ветвится на три коридора, ведущих к главному месту в церкви. Основали её последователи киевских монахов, бежавших сюда от Батыевых орд. Неподалеку от неё археологи нашли посуду VIII—X вв. Следовательно, здесь жили ещё в каменном веке, сюда бежали люди в момент опасности, здесь отправляли язычники и первые христиане свои культовые обряды.На площадке мелового утеса торчат остатки трехкамерной Николаевской церкви, построенной в стиле слободского барокко. Согласно рисунку монастыря в 1679 г. на том месте поднимались три массивных меловых конуса с прорубленными окошками. Очевидно пещерная Успенская церковь под влиянием природы или человека частично обрушилась и обнажила часть интерьера (внутреннего пространства). Церковь не только дополнила утраченную часть меловой скалы, но и стала её украшением. Как в других церквях, её купола расположены по оси восток-запад. Мастера XV—XVI вв., пытаясь придать своим строениям стройный вид, обычно ставили на восьмигранник большего объёма восьмигранник меньшего объёма. Над алтарем церкви возвышается пирамидальная башня с небольшим барабаном и грушевидным куполом. Подобным куполом увенчан западный алтарь. Центральную башню украшает декоративный орнамент из кирпича по окружности (периметру) башни.
